Ein Steinbeilfund östlich des Ortes weist darauf hin, dass auch das Gemeindegebiet von Klingenbach in der Jungsteinzeit (Neolithikum, 5.500-4.300 vor Chr.) besiedelt war.

Ein Frauengrab der Frühlaténezeit (um 350 vor Chr.) mit zwei bronzenen Armreifen, einem Fingerring und Beigabegefäßen befand sich im Ortsbereich.

In der Römerzeit (Chr. Geb bis 400 n. Chr.) lag in der sog. "Zelendrava" ein römischer Gutshof (villa rustica), von dem Funde von Architekturteilen, Ziegeln, Tonscherben und Münzen stammen. Römische Gräber lagen entlang der röm. Landstraße von Scarbantia (Sopron) nach Vindobona (Wien), die heute noch am westlichen Ortsrand als Hotterweg Klingenbach-Zagersdorf besteht. Die erste urkundliche Nennung des Ortes als "possessio wlgariter Chlingenpach" stammt aus dem Jahr 1276. Diese Urkunde berichtet von der Übergabe des Gutes Klingenbach samt Zubehör an die Abtei Klostermarienberg. Eine schriftliche Bestätigung dieser Schenkung geht auf das Jahr 1277 zurück. Im 14. Jahrhundert war die Ortschaft unter mehreren Besitzern aufgeteilt. 1416/17 gelangte das Dorf, "Chlingendorf" genannt, in die Obhut der Stadt Ödenburg. In einer Urkunde von 1510 erläßt Wladislaw II. der Stadt Ödenburg und den zugehörigen Stadtdörfern, darunter auch Klingenbach, alle Steuern und Kontributionen auf zwei Jahre, damit die Befestigungsanlagen der Stadt ausgebessert werden können. 1523 wurde das Dorf von einer Horde der Raubritter von Landsee Überfallen und geplündert, 1529 wurde der Ort von den Türken zerstört.

Drei Jahre später brachten die Türkenscharen neues Unheil über die dezimierten Bewohner. In den Folgejahren wurde das zum Teil entvölkerte Klingenbach mit Kroaten nachbesiedelt. Im Bocskay-Aufstand (1605) und im Bethlen-Krieg (1619/20) hatter der Ort gleichfalls zu leiden, und während des Türkenzuges vom 1683 brannten osmanische Truppen die Gemeinde samt der Kirche nieder. Im Zuge der Kuruzzenaufstände lagerten die Rebellen im Jahr 1704 auf Klingenbacher Gebiet. Auch das Pestjahr 1713 ging am Ort nicht spurlos vorüber und kostete viele Menschenleben. Die Franzosenkriege brachten vor allem 1809 für die Siedlung wie anderswo feindliche Durchmärsche, Einquartierungen und Requirierungen; die zweite Hälfte des 19. Jahrhunderts verlief für den Ort jedoch ruhig. Beide Weltkriege forderten zahlreiche Opfer unter der Bevölkerung. Der gegen Kriegsende in Klingenbach aufgestellte Volkssturm kam nicht zum Einsatz. Noch in der Nacht vor dem Einmarsch der Roten Armee wurde der Ort noch einmal von russischen Fliegern angegriffen, und die letzten deutschen Soldaten setzten sich ab. Am 1. April 1945 um 15 Uhr sind die sowjetischen Truppen in Klingenbach einmarschiert. Im Ort selbst kam es zwar zu keinen Kampfhandlungen, die Drangsalierungen durch die Besatzer waren jedoch in den ersten Tagen und Wochen sehr peinigend. Nach Kriegsende wurde noch im Jahr 1945 die arbeitsfähige Klingenbacher Bevölkerung zu Arbeiten, besonders am Flugplatz in Trausdorf, in der Spitzermühle und auf der Ödenburger Straße herangezogen. In dieser Zeit wurden auch die meisten Kriegsschäden an den Häusern durch Nachbarschaftshilfe beseitigt. In den letzten Besatzungsjahren machten sich die Russen nicht mehr bemerkbar, lediglich an der Grenze standen einige Offiziere im Einsatz, die den Grenzübergang bewachten. Eingriffe in das Leben der Bevölkerung und die Verwaltung fanden nun nicht mehr statt.

Von 1848 (Auflösung der Grundherrschaft) bis 1886 gehörte Klingenbach zum Bezirkskommissariat (später Stuhlrichteramt) und Steuerbezirk Eisenstadt, von 1886 bis 1921 zum Bezirk Ödenburg.

Seit dem Anschluss des Burgenlandes an Österreich gehört Klingenbach wieder zum Bezirk (1938 - 1945 Landkreis) Eisenstadt-Umgebung.

Mit 1. Oktober 1895 wurde Klingenbach mit Baumgarten, Schattendorf und einigen anderen Gemeinden zu einer Verwaltungsgemeinschaft mit einem gemeinsamen Standesamt (Staatlicher Matrikelbezirk mit Sitz in Schattendorf, Bezirk Mattersburg) zusammengefasst. Erst am 1. Juli 1923 wurde Klingenbach aus dem Matrikelbezirk Schattendorf herausgelöst und bildete mit der Nachbargemeinde Zagersdorf einen eigenen Matrikelbezirk, der bis 31. Dezember 1970 bestand. Mit 01.01.1971 wurde Zagersdorf aus der bisherigen Verwaltungseinheit mit Klingenbach herausgelöst und mit Siegendorf zu einer neuen politischen Gemeinde vereinigt, die Eigenständigkeit der Gemeinde Klingenbach blieb weiterhin gewahrt.

In den 60er und 70er Jahren begann der Aufbau in der Gemeinde. Durch den Anschluss an den Wasserleitungsverband Nördliches Burgenland, die Einleitung des Erdgases zur Energieversorgung und den Ausbau der Stromversorgung wurde die Infrastruktur zeitgemäß erweitert. 1973 konnte ein moderner Kindergarten eröffnet werden, der im Jahr 2001 durch einen Zubau erweitert wurde; für die Abhaltung von Veranstaltungen wurde eine Mehrzweckhalle errichtet, die den Namen "Jubiläumshalle" erhielt. Es folgten Sportanlagen, Tennisplätze und der Ausbau, bzw. Neubau des Feuerwehrhauses. Klingenbach war jahrelang von der Rolle als Grenzübergang zum benachbarten Ungarn geprägt - Millionen Fahrzeuge wälzten sich durch den Ort. Mit Fertigstellung der Umfahrungsstraße im Jahr 1995, welche die Gemeinde von den gewaltigen Autokolonnen befreite, ist die Lebensqualität in der Gemeinde erheblich gestiegen. Das Problem der Wohnraumbeschaffung wurde durch die Neuerschließung von Siedlungsgebieten und die Errichtung von Wohnhausanlagen weitgehend gelöst.

Auch um die Ortsbildgestaltung und -verschönerung ist Klingenbach sehr bemüht. Einzelne Straßenzüge wurden saniert, Bäume gepflanzt und Grünanlagen geschaffen.
Im Jahr 1997 wurde das neue Gemeindehaus im Ortszentrum unter Anwesenheit zahlreicher Gäste aus der Bevölkerung sowie der Landes- und Gemeindepolitik feierlich eröffnet. Das Bauwerk, das sich harmonisch in das Ortsbild einfügt, vereint Stilelemente der ländlichen Architektur mit Anforderungen der Moderne. Mit dem Bau ist nicht nur ein Verwaltungs-, sondern auch ein Kommunikations- und Sozialzentrum entstanden, in dem Gemeinschaft gelebt werden kann.